Xã Phú Thuận nằm ở phía đông huyện Thoại Sơn, có địa giới hành chính:

• Phía Đông giáp thành phố Long Xuyên và thành phố Cần Thơ
• Phía Tây giáp xã Vĩnh Chánh.
• Phía Nam giáp thành phố Cần Thơ
• Phía Bắc giáp thị trấn Phú Hòa.

Xã Phú Thuận có diện tích 31,20 km², dân số năm 2019 là 10.115 người,[1] mật độ dân số đạt 324 người/km².